วันที่ 27 ม.ค. 2566 – ที่สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) นายศรีสุวรรณ จรรยา เลขาธิการสมาคมองค์การพิทักษ์รัฐธรรมนูญไทย ได้เดินทางมายื่นคำร้องต่อคณะกรรมการ ป.ป.ช. เพื่อขอให้ไต่สวนและวินิจฉัยกรณี พระราชวัชรธรรมภาณี เจ้าอาวาสวัดชลประทานรังสฤษดิ์ สั่งรื้อถอนทุบทำลาย 11 กุฏิสงฆ์และต้นศรีมหาโพธิ์ที่ในหลวงพระราชทานมาให้ปลูกในวัด ทำให้พระเณรเดือดร้อนไม่มีที่จำพรรษา รวมทั้งญาติโยมที่นำอัฐิมาบรรจุไว้ในกุฎิไม่ทันรู้เรื่อง ทำให้อัฐิสูญหาย อันอาจเข้าข่ายความผิดทางกฎหมาย

ทั้งนี้ สืบเนื่องจากเจ้าอาวาสวัดชลประทานรังสฤษฏ์ พระอารามหลวง องค์ปัจจุบันซึ่งได้อ้างว่าได้ร่วมกับหน่วยงานของรัฐบางหน่วย จัดทำโครงการ 5 ส. เพื่อปรับปรุงสถานที่เขตกัมมัฏฐาน (บริเวณหลังวัด) ซึ่งมีกุฏิที่พักอาศัยของสงฆ์จำนวนกว่า 70 หลัง แต่ปรากฏว่าเมื่อวันที่ 5 ส.ค.65 ก็ได้สั่งการให้มีการนำเครื่องจักรขนาดใหญ่และคนงานเข้ามาทยอยรื้อทุบทำลายศาลาธรรมและเสนาสนะหรือกุฏิสงฆ์ในพื้นที่ดังกล่าวไปแล้วกว่า 11 หลัง และสั่งให้พระที่จำพรรษาอยู่ในกุฏิแต่ละหลัง (ช่วงเข้าพรรษาระหว่างวันที่ 14 ก.ค. – 10 ต.ค.65) ออกไปเสียจากกุฎิตั้งแต่กลางพรรษาดังกล่าว ทำให้พระในวัดดังกล่าวจำนวนมากเดือดร้อน

ที่สำคัญ มีการรื้อทำลายต้นพระศรีมหาโพธิ์พร้อมป้ายแสดงรายละเอียด ที่เป็นต้นกล้าจากพุทธคยาเจดีย์ สาธารณรัฐอินเดีย ที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 10 เมื่อครั้งที่ดำรงอิสริยยศเป็นสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมารทรงพระราชทานให้วัดมาปลูกในโครงการเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 7 รอบ 5 ธันวาคม 2555 อาจเข้าข่ายการหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ ซึ่งมีความผิดตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 112 อีกด้วย

ในขณะที่ พระราชวัชรธรรมภาณี เจ้าอาวาสชลประทานรังสฤษฏ์  เคยทำหนังสือชี้แจงต่อคณะกรรมาธิการศาสนา ศิลปะและวัฒนธรรม สภาผู้แทนราษฎร หลังจากมีพระภิกษุภายในชลประทานรังสฤษฏ์ ยื่นหนังสือร้องเรียนต่อคณะกรรมาธิการศาสนา ฯ เพื่อให้ตรวจสอบพฤติกรรมของเจ้าอาวาสดังกล่าวข้างต้นว่า  มีพระภิกษุบางรูป บางกลุ่ม พยายามกระด้างกระเดื่องต่อเจ้าอาวาสแยกตัวออกไปแสวงหาผลประโยชน์เข้าตนเองโดยไม่ขึ้นกับทางวัด ทั้งส่วนบรรจุอัฐิและจัดทำบุญประจำวัน ประจำสัปดาห์แข่งกับวัด,มีการยุยงพระภิกษุในวัดให้เกลียดเจ้าอาวาส,มีการตั้งกลุ่มลักษณะปลดปล่อยอิสระไม่ขึ้นตรงกับทางวัด,เคยกล่าวตักเตือนปัญหาเรื่องยาเสพติด,มีสตรีเพศเข้าไปอยู่ภายในกุฎิเดียวกัน ลับหูลับตา ดำเนินการให้ออกจากวัดไปแล้วจำนวน 2 คู่ ดังนี้ เป็นต้น

วัดชลประทานรังสฤษดิ์ สร้างขึ้นในปี 2502 โดย ม.ล.ชูชาติ กำภู อธิบดีกรมชลประทาน ก่อนปี 2503 ได้อาราธนา หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ มาเป็นเจ้าอาวาส ด้วยความศรัทธาในการสอนธรรมะแนวใหม่ที่เปลี่ยนจากการ ถือใบลาน นั่งเทศน์บนธรรมาสน์ มาเป็นการยืนพูดปากเปล่าต่อสาธารณชน พร้อมยกตัวอย่างที่ร่วมสมัยและใกล้ตัวชาวพุทธ

ทั้งยังเป็นผู้วางรากฐานแนวคิดและวิถีปฏิบัติยุคใหม่ ให้ศาสนาห่างจากความงมงาย เหลือไว้เพียงแก่นธรรมที่มีประโยชน์ เพื่อสร้างวัดที่มีวิถีพุทธร่วมสมัย ท่ามกลางธรรมชาติร่มรื่น พร้อมกับการเป็นแหล่งของความรู้ ปัญญา และการเผยแผ่หลักคำสอน ที่ชาวพุทธยุคใหม่จะเลิกมองว่าเป็นเรื่องน่าเบื่อ จนท่านได้รับการขนานนามว่า พระผู้ปฏิรูปพิธีกรรมชาวพุทธไทย

หลังหลวงพ่อปัญญานันทภิกขุมรณภาพ เมื่อวันที่ 10 ตุลาคม 2550 ด้วยสิริอายุรวม 96 ปี  พระธรรมวิมลโมลี (รุ่น ธีรปญฺโญ) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาาวาสวัดชลประทานรังสฤษดิ์ต่อ และในปี 2557   พระธรรมวิมลโมลี ได้มรณภาพลง คณะสงฆ์จึงเสนอให้ พระปัญญานันทมุนี  (สมณศักดิ์ขณะนั้น) เจ้าอาวาสวัดปัญญานันทารามให้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดชลประทานรังสฤษดิ์

ยุคของ พระราชวัชรธรรมภาณี  มีการปรับเปลี่ยนภูมิทัศน์ภายในวัดหลายประการ มีการวางระเบียบภายในวัด รองรังกับการเปลี่ยนแปลงตามยุคสมัย พร้อมสืบสานแนวคิดของหลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ ที่อยากพาวัดและศาสนาเข้ามาชิดใกล้กับพุทธศาสนิกชนมากขึ้น ด้วยการปฏิรูป 4 เรื่อง คือเปลี่ยนพิธีกรรมสู่พิธีธรรม เปลี่ยนไสยศาสตร์สู่พุทธศาสตร์ เปลี่ยนธุรกิจเป็นบุญกิจ และเปลี่ยนพาณิชย์สู่วิถีพุทธ จนอาจเป็นไปได้ว่ามีกระทบฝ่ายใดฝ่ายหนึ่งเข้า..จนมีการร้องเรียนไปตามช่องต่าง ๆ