วันเสาร์ที่ 11 กันยายน 2564 นายอนุชา นาคาศัย รัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ได้รับการประสานจากวิศวกรจำนวนหนึ่ง ว่าจากกรณีที่มีฝนตกหนักเป็นระยะเวลาหลายวัน ส่งผลให้องค์พระปฐมเจดีย์ วัดพระปฐมเจดีย์ราชวรมหาวิหาร สิ่งศักดิ์สิทธิ์คู่บ้านคู่เมืองของชาว จ.นครปฐม ได้รับความเสียหาย โดยอาจเกิดน้ำเซาะดินทำให้องค์พระปฐมเจดีย์ทรุดตัว ได้สั่งการให้สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) หน่วยงานในกำกับดูแลตรวจสอบแล้ว

จากการลงพื้นที่ตรวจสอบข้อมูลของ พศ. เจ้าอาวาสวัดพระปฐมเจดีย์ราชวรมหาวิหาร ได้ให้ข้อมูลว่าองค์พระปฐมเจดีย์มีการบูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งล่าสุดเมื่อปี 2551 โดยกรมศิลปากรเป็นหน่วยงานหลักในการบูรณะปฏิสังขรณ์ จากกรณีที่มีคลิปเผยแพร่ภาพมีน้ำไหลหลากเป็นน้ำตกจากบันไดหน้าพระร่วง หรือมีน้ำท่วมขังบริเวณลานด้านองค์พระ มักเกิดขึ้นเป็นประจำเมื่อมีฝนตกจำนวนมาก ขณะนี้ยังไม่มีสัญญาณใดๆ เกี่ยวกับความเสียหายที่จะเกิดขึ้นตามที่ได้รับการแจ้งเตือนมา ทั้งนี้ ได้หารือสำนักงานโยธาธิการและผังเมืองจังหวัดนครปฐมเพื่อจะประสานงานกับกรมศิลปากรเข้ามาสำรวจอีกครั้งว่ามีส่วนใดได้รับความเสียหายหรือชำรุด เพื่อสร้างความเชื่อมั่นแก่พุทธศาสนิกชนและชาวนครปฐมที่มีความกังวลดังกล่าว