วันที่ 11 สิงหาคม 66  หลังจากสภามหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย (มมร) ได้แต่งตั้งคณะกรรมการสรรหาอธิการบดีตามข้อบังคับของมหาวิทยาลัย โดยมี สมเด็จพระพุทธพจนวชิรมุนี วัดเครือวัลย์ เป็นประธานกรรมการคณะกรรมการสรรหาอธิการบดี ต่อมาเมื่อวันที่​​ 27 มีนาคม 2566 ได้มีมติเป็นเอกฉันท์ให้เสนอชื่อ พระเทพวัชรเมธี เป็นอธิการบดี มมร อีกวาระหนึ่ง หลังจาก พระเทพวัชรเมธี อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ได้ดำรงตำแหน่งมาตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2562 ครบวาระ 4 ปี และเมื่อวันที่ 22 กรกฏาคม 2566 สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก มีพระบัญชาแต่งตั้งให้ พระเทพวัชรเมธี ให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดี อย่างเป็นทางการ

ล่าสุด วันที่ 8 สิงหาคม 2566 ที่ผ่านมา อธิการบดี มมร  ได้มีคำสั่งมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย เรื่องมอบหมายและมอบอำนาจในการปฎิบัติแทนอธิการบดี โดยอ้างถึง เพื่อให้การบริหารงานของมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย เป็นไปด้วยความเรียบร้อยและมีประสิทธิภาพ อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 27 ประกอบกับมาตรา 24 และ มาตรา 42 แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย พ.ศ. 2540 ข้อบังคับมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย ว่าด้วยการรักษาการแทนและการมอบอำนาจให้การปฎิบัติการแทน พ.ศ.2566 จึงมอบหมายและมอบอำนาจให้รองอธิการบดีและผู้ช่วยอธิการบดีรับผิดชอบกำกับดูแล ช่วยกำกับดูแล และปฎิบัติการแทนอธิการบดีในส่วนงาน ภารกิจ โครงการต่าง ๆ ดังนี้ต่อไป

เป็นที่น่าสังเกตว่า การแต่งตั้งรองอธิการบดีในวาระที่ 2 ของมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย ในสัดส่วนของพระภิกษุสงฆ์ไม่มีการเปลี่ยนแปลง แต่ในสัดส่วนตำแหน่ง รองอธิการบดีฝ่ายฆราวาส ที่ดูแลเรื่องการบริหารทั่วไป และ ด้านการเงินและบัญชี มีการเปลี่ยนแปลง ดึงคนนอกเข้ามาเหมือนเดิม  และการแบ่งหน้าที่สลับกัน รวมทั้งมีการดึงพระภิกษุรุ่นใหม่เข้ามาเสริมทีม ไม่ว่า พระมหาเตชินท์ อินฺทเตโช รองอธิการบดีด้านแผนพัฒนาและพันธกิจสากล  ซึ่งการศึกษาระดับปริญญาโทจากมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด ประเทศสหรัฐฯ และเคยทำงานบริษัทเอกชนชื่อดังของประเทศ ถือว่าเป็นดาวรุ่งดวงใหม่ในคณะสงฆ์ธรรมยุติ  รวมทั้ง พระเทพวัชรเมธี  ดึง พระครูปลัดสุวัฒนสัจจคุณ หรือพระครูปลัดธีวิทย์ พระนักเคลื่อนไหวชื่อดัง ที่สังคมชาวพุทธรู้จักดี จาก ศูนย์พิทักษ์พระพุทธศาสนาแห่งประเทศไทย ขึ้นมาเป็น ผู้ช่วยอธิการบดี ให้ดูแลด้านวิชาการ วิเทศน์สัมพันธ์ รวมทั้งด้านการสื่อสาร

สำหรับมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย ก่อตั้งเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2436 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระบรมราชานุญาตให้ตั้งวิทยาลัยขึ้นในบริเวณวัดบวรนิเวศวิหาร พระราชทานนามว่า “มหามกุฏราชวิทยาลัย” โดยมีพระราชประสงค์เพื่อเป็นที่ศึกษาเล่าเรียนของพระภิกษุสามเณร ทรงอุทิศพระราชทรัพย์บำรุงประจำปีและก่อสร้างสถานศึกษาวิทยาลัยแห่งนี้ขึ้น

เริ่มเปิดให้การอบรมศึกษาแก่ภิกษุสามเณร ตั้งแต่วันที่ 16 กันยายน 2489  จนถึงปัจจุบัน โดยแบ่งออกเป็น  4  คณะ คือ บัณฑิตวิทยาลัย  คณะศาสนาและปรัชญา   คณะมนุษยศาสตร์   คณะสังคมศาสตร์ และ คณะศึกษาศาสตร์