เมื่อ พ.ศ. 2441 รัชกาลที่ 5 มีพระราชดำริปฏิรูปการศึกษา ได้ทรงจัดการการศึกษาขั้นต้นให้กับประชาชนทั่วไป และทรงตัดสินพระทัยให้อยู่ในความรับผิดชอบของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส และสมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ เสนาบดีกระทรวงมหาดไทยดูแลเรื่องงบประมาณ โดยให้วัดเป็นโรงเรียน ให้พระสงฆ์ภิกษุเป็นครูที่อบรมสั่งสอน วิชาที่สอนหลักๆ มีอยู่ 5 อย่างคือ อ่านเขียนหนังสือ, คิดเลข, ศีลธรรม, การดูแลรักษาสุขภาพร่างกาย และการทำงานอาชีพ

ต่อมา พ.ศ. 2445 งานการศึกษาทั่วไปของประชาชนถูกโอนกลับมาให้กระทรวงธรรมการ แม้พระสงฆ์ยังเป็นผู้ดูแลการศึกษาในทุกระดับตั้งแต่มณฑล, เมือง และแขวง เจ้าอาวาสแต่ละวัดเป็นธุระดูแลเรื่องการเรียนการสอน แต่กระทรวงธรรมการจะกำกับดูแลการศึกษาโดยรวมตามวัดต่างๆ แทน

บทบาทด้านการศึกษาของพระสงฆ์ค่อยๆ เสื่อมความนิยมลง เมื่อวัฒนธรรมสมัยใหม่เข้ามาเผยแพร่ ความเจริญของวิทยาการตามแนวตะวันตกทำให้วัดที่เคยเป็นศูนย์กลางด้านการศึกษาและวิทยาการ พระสงฆ์เป็นผู้นำด้านปัญญามีหน้าที่อบรมสั่งสอนค่อยๆ ถูกลดบทบาท ด้วยชนชั้นกลางและชนชั้นสูงจำนวนมากพิจารณาว่าเป็นของล้าสมัย ไม่เอื้อต่อการพัฒนาประเทศในแนวสมัยใหม่

ความไม่ทันสมัยในการศึกษาตามระบอบเดิมจึงเป็นความจำเป็นที่จะต้องมี “ครูอาชีพ” ทำหน้าที่การสอนตามมาตรฐานแบบสากล โดยรัฐเข้ารับช่วงการศึกษาให้เป็นของรัฐ จัดตั้งโรงเรียน วิทยาลัย และมหาวิทยาลัยขึ้น บทบาทด้านการศึกษาของคณะสงฆ์จึงค่อยลดลงตามลำดับ

ความขัดแย้งระหว่างพระสงฆ์และครูอาชีพเพิ่มมากขึ้นในปลายรัชกาลที่ 6 จนกระทั่งใน พ.ศ. 2459 จึงมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้แบ่งหน้าที่ในราชการกระทรวงธรรมการเป็น 2 ภาค คือ การพระศาสนาและการศึกษา โดยกำหนดให้กิจการด้านศาสนาอยู่ในความรับผิดชอบของกรมธรรมการ และงานด้านการศึกษาอยู่ในความรับผิดชอบของกรมศึกษาธิการ (ภายหลังโอนกรมธรรมการไปสังกัดกระทรวงวัง เปลี่ยนชื่อกระทรวงธรรมการเป็นกระทรวงศึกษาธิการ)

บทบาทพระสงฆ์ด้านการศึกษาถดถอยลงด้วยสาเหตุหลายประการ เช่น การไม่อาจปรับตัวเข้ากับวิทยาการสมัยใหม่, ข้อจำกัดทางสมณเพศทำให้พระภิกษุไม่สามารถให้การศึกษาแก่เด็กผู้หญิง, การบวชซึ่งเคยเป็นประเพณีในการศึกษาเล่าเรียนค่อยๆ ลดความสำคัญลงเป็นเพียงเพื่อรักษาประเพณี ฯลฯ วัดจึงไม่ใช่ที่ศึกษาเล่าเรียนเช่นที่ผ่านมา

การลดบทบาทของวัดด้านการศึกษาเห็นได้จากการสร้างโรงเรียนเพื่ออำนวยประโยชน์ด้านการศึกษาแทนวัด และในพระราชบัญญัติประถมศึกษา พ.ศ. 2464 ก็ไม่ได้กำหนดบทบาทของพระสงฆ์ให้มีส่วนช่วยเหลือในการศึกษาแต่อย่างไร แม้โรงเรียนจำนวนไม่น้อยต้องอาศัยสถานที่ภายในวัดเป็นที่ทำการ ที่เรียกว่า “โรงเรียนประชาบาล” และใช้ชื่อว่า “โรงเรียนวัด…” แต่พระสงฆ์ในวัดนั้นก็ไม่ได้มีส่วนเกี่ยวข้องกับการศึกษาอีกต่อไป