วันที่ 1 กรกฎาคม 2562 พระเทพสุวรรณเมธี (สุชาติ กิตฺติปญฺโญ) เจ้าอาวาสวัดสุวรรณาราม รองเจ้าคณะกรุงเทพฯ ในฐานะผู้ช่วยอธิการบดีฝ่ายวิชาการ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย(มจร) วิทยาเขตบาฬีศึกษาพุทธโฆส นครปฐม เปิดเผยว่า การมรณภาพของสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ (สมศักดิ์ อุปสโม) เจ้าอาวาสวัดพิชยญาติการาม กรรมการมหาเถรสมาคม(มส.) เจ้าคณะใหญ่หนกลาง และรองอธิการบดี มจร วิทยาเขตบาฬีศึกษาพุทธโฆส นครปฐม เมื่อวันที่ 28 มิ.ย.ที่ผ่านมานั้น นับเป็นการสูญเสียพระมหาเถระที่มีความรู้ เชี่ยวชาญ ด้านการศึกษาพระบาลี และด้านการวิปัสสนาภาวนา

พระเทพสุวรรณเมธี กล่าวต่อว่า เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2562 สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ ได้เดินทางปฏิบัติศาสนกิจ เป็นประธานเปิดโครงการปฏิบัติธรรมเจ้าสำนักปฏิบัติธรรมคณะสงฆ์หนกลาง ณ พุทธมณฑล อำเภอพุทธมณฑล หลังจากนั้น ได้เดินทางมาเยี่ยมผู้บริหาร คณาจารย์ เจ้าหน้าที่ และนิสิต ในวันเปิดการเรียนการสอนสัปดาห์แรก ประจำปีการศึกษา 2562 ชมการเรียนการสอนหลักสูตรปริญญาเอก สาขาวิชาพระไตรปิฎกศึกษา วิปัสสนาภาวนา โครงการศึกษาพระบาลีภาษาพระพุทธเจ้า และได้เป็นประธานสงฆ์ร่วมฉันภัตตาหารเพลพร้อมด้วยคณาจารย์ผู้บริหาร เจ้าหน้าที่ และพระนิสิตวิทยาเขตบาฬีศึกษาพุทธโฆส นครปฐม

ภาคบ่ายของวันเดียวกัน สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ ได้เป็นประธานประชุมคณะกรรมการบริหารวิทยาเขต 1. รับทราบสภามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยอนุมัติหลักสูตร และให้เปิดการเรียนการสอนหลักสูตรปริญญาเอกสาขาวิชาบาลีพุทธศาสตร์ซึ่งเป็นหลักสูตรที่รับเปรียญธรรม 9 ประโยคเข้าศึกษา เป็นหลักสูตรในฝันของสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ เพราะตั้งแต่เริ่มก่อตั้งสถาบันตลอดระยะเวลา 32 ปี เปิดการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรีเท่านั้น วาระดังกล่าวนี้ สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ได้รับฟังและพูดเสนอแนะการเรียนการสอนปริญญาเอก ด้วยใบหน้าสดชื่น เสียงดังฟังชัด

2. รับทราบความก้าวหน้าโครงการขยายที่ตั้งวิทยาเขตโดยการจัดสร้างสถาบันวิปัสสนานานาชาติ “สมเด็จพระพุทธชินวงศ์” โดยโครงการดังกล่าวนี้ วิทยาเขตได้ดำเนินการจัดซื้อที่ดินจำนวน 5 ไร่ เป็นเงิน 17 ล้านบาท จ่ายทำสัญญาซื้อขายแล้ว 5 ล้านบาท ยังเหลือที่จะต้องชำระทั้งหมดทั้งสิ้นภายใน 2 ปี อีก 12 ล้านบาท อาตมาได้้ถวายรายงานว่า เงินจำนวน 12 ล้านบาทดังกล่าวนี้ มีผู้บริจาคแล้วจำนวน 2 ล้าน 2 แสนบาท เห็นสมควรจัดทำงบประมาณจัดสร้างอาคารเข้าในแผนงบประมาณของมหาวิทยาลัย ในปีงบประมาณ 2564 ในวาระดังกล่าวนี้ สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ได้พูดในที่ประชุมว่าอยากให้งานนี้เป็นงานของคณะสงฆ์ร่วมกันพัฒนาและให้แจ้งญาติโยมที่เคยอุปถัมภ์ให้มาช่วยกันสร้างเพื่อการศึกษาบาลี วิปัสสนา และพระพุทธศาสนาสำหรับลูกหลานไทยในอนาคต

ด้านรองศาสตราจารย์ ดร.เวทย์ บรรณกรกุล ลูกศิษย์ที่เคยติดตามทำหน้าที่เลขานุการตั้งแต่สมัยเป็นพระมหาเวทย์ วรัญญู ยุคดำริเริ่มจัดตั้งสถาบันบาฬีศึกษาพุทธโฆส กล่าวกับสื่อว่า ผลงานชิ้นสำคัญในชีวิตการทำงานด้านภาษาบาลี วิปัสสนาและพระพุทธศาสนา คือ การจัดทำคัมภีร์สัททานุกรมพระไตรปิฏก ซึ่งเจ้าพระคุณสมเด็จได้เริ่มงานนี้มา เมื่อครั้งดำรงสมณศักดิ์พระราชาคณะชั้นราชที่ “พระราชปริยัติโมลี” เมื่อเกือบ 30 ปีมาแล้ว โดยตั้งเป้าในการจัดทำให้ครบทุกตัวอักษร จัดพิมพ์ในภาคภาษาไทย จำนวน 69 เล่ม แต่สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ทำงานนี้ตลอดทั้งชีวิต ด้วยความละเอียดอ่อนพิถีพิถันเพื่อสร้างบรรทัดฐานวิชาการบาลีพระไตรปิฏก ดำเนินการปริวรรตแปลจัดพิมพ์เสร็จสมบูรณ์เพียง 4 เล่มเท่านั้น เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน ก่อนวันมรณภาพ 1 วัน หลังจากเลิกประชุม สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ได้กำชับให้ผู้รับผิดชอบโครงการจัดทำสัททานุกรมพระไตรปิฎกเชิงวิจัยฉบับบาลี-ไทย ให้นำเล่มที่ 5 ซึ่งสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ได้ตรวจเป็นรอบสุดท้ายพบว่ามีอักษรคลาดเคลื่อนอยู่บ้าง ขอให้นำไปแก้ไข และมอบให้พระเทพสุวรรณเมธีทำหน้าที่รับผิดชอบ จัดทำ และพิมพ์เผยแผ่ต่อไป

พระเทพสุวรรณเมธี กล่าวเพิ่มเติมว่า สมเด็จพระพุทธชินวงศ์อาพาธด้วยโรคไต ตั้งแต่ปี 2554 และเข้ารับการรักษาตามลำดับสภาพอาการของโรคเป็นลำดับเรื่อยมา ก็ยังคงปฏิบัติศาสนกิจเป็นปกติ ตลอดระยะเวลา 8 ปี แม้วันสุดท้าย ในการปฏิบัติศาสนกิจ ก่อนจะพบแพทย์ตามนัด ในวันศุกร์ที่ 28 มิถุนายน 2562 สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ ได้เข้ารับการรักษา ตามนัดหมายของแพทย์ในเวลา 14.00 น. ที่ โรงพยาบาลกรุงเทพ เกิดอาการหัวใจขาดโลหิตเฉียบพลัน และถึงแก่มรณภาพด้วยอาการอันสงบ ในเวลา 17.24 น. สิริรวมอายุได้ 78 ปี 4 เดือน 58 พรรษา