มหาคณ + อิสสร = มหาคณิสสร แปลว่า “ผู้เป็นใหญ่แห่งคณะใหญ่” = มีคณะใหญ่ แล้วก็มีผู้มาเป็นใหญ่เหนือคณะใหญ่นั้น (คณะธรรมยุตมีแค่เจ้าคณะใหญ่) และ “มัชชามหาคณิสสร” คือ คณะกรรมการบริหารงานคณะสงฆ์ฝ่ายมหานิกายของพระภิกษุสงฆ์ไทย

ให้ตั้งข้อสังเกต 2 ความหมายนี้ คือ มหาคณิสสร แปลว่า “ผู้เป็นใหญ่แห่งคณะใหญ่” และ “มัชชามหาคณิสสร” คือ คณะกรรมการบริหารงานคณะสงฆ์ฝ่ายมหานิกายของพระภิกษุสงฆ์ไทย

สมัชชามหาคณิสสร ตั้งขึ้นโดย “สมเด็จป๋า” หรือ สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช (ปุ่น ปุณฺณสิริ) วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม สมเด็จพระสังฆราชองค์ที่ 17 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์

จากการสอบถามผู้รู้ เล่าว่า การเกิดขึ้นของสมัชชามหาคณิสสร เป็นพระดำริของสมเด็จป๋า เพื่อตอบโต้คณะธรรมยุติกนิกายในยุคนั้นที่พยายามจะเข้ามาครอบงำคณะสงฆ์ฝ่ายมหานิกายผ่าน พ.ร.บ.2505 และรูปแบบการบวช

ก่อตัวขึ้นของสมัชชามหาคณิสสร จึงเป็นอีกหนึ่งความพายามของพระสงฆ์ฝ่ายมหานิกาย ที่ต้องการแก้ปัญหา และต้องการจะสลัดออกมาจากการครอบงำ ถูกกลืนกิน โดยตั้งเป็นมติสงฆ์ฝ่ายมหานิกายว่า การบวชของฝ่ายมหานิกายให้ใช้รูปแบบของการบวชแบบ “อุกาสะ” ซึ่งเป็นการบวชแบบดั้งเดิม นัยหนึ่งก็เป็นฐานรักษาฝ่ายมหานิกายเอาไว้ไม่ให้สาบสูญ แต่อีกนัยหนึ่ง ก็เพื่อความเป็นอิสระจากการถูกครอบงำ

เพราะตั้งแต่ครั้งเกิดคดีความพระพิมลธรรม (อาจ อาภสเถร ) เป็นต้นมา ก็มีความพยายามในการรุกคืบที่จะให้ มหานิกายยกเลิก “บวชแบบอุกาสะ” ให้หมด ซึ่งมีหลายวัดฝ่ายมหานิกาย ที่เปลี่ยนรูปแบบการบวชแบบคณะธรรมยุตคือแบบ “เอสาหัง” จึงเป็นที่มาของการตั้งสมัชชามหาคณิศรขึ้นมา เพื่อรักษาการบวชแบบมหานิกายเอาไว้

แต่เนื่องจากสมเด็จป๋าตอนนั้นพระองค์ดำรงตำแหน่ง “สกลมหาสังฆปริณายก” จะจัดประชุมที่วัดโพธิ์ ก็คงไม่เหมาะสม จึงให้ไปจัดประชุมเพื่อดำเนินการเรื่องนี้ที่วัดสระเกศ..แทน

สุดท้ายคณะสงฆ์ฝ่ายมหานิกายตั้งแต่ระดับเจ้าคณะหนใหญ่ เจ้าคณะภาค จึงมีมติร่วมกันว่า จะตั้ง “สมัชชามหาคณิสสร” ขึ้น เมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2516 และสมเด็จป๋า สมเด็จพระสังฆราชทรงเห็นชอบในอีกวันถัดมาคือวันที่ 26 มีนาคม 2516 และถือเอาวันนี้เป็นวันก่อตั้งสมัชชามหาคณิสสร

ปัจจุบันมี “สมเด็จพระพุฒาจารย์” ซึ่งเป็นผู้มีอาวุโสสูงสุดทางสมณศักดิ์ เป็น “ประธานสมัชชามหาคณิสสร” และมี “พระราชวชิเมธี” รองเจ้าคณะภาค 9 เลขาเจ้าคณะใหญ่หนตะวันออก เป็น “เลขาธิการ”

บทบาทปัจจุบันของสมัชชามหาคณิสสรไม่มีอะไรนอกจาก“จัดอบรมพระอุปัชฌาย์” และพิจารณา “สมณศักดิ์” ของคณะสงฆ์ฝ่ายมหานิกาย

การเกิดขึ้นของสมัชชามหาคณิสสร แต่อีกนัยหนึ่งในคณะธรรมยุตเองท่านก็มี เจ้าคณะใหญ่คณะธรรมยุต มหานิกายจึงตอบโต้ด้วยการ ตั้ง “ประธานสมัชชามหาคณิสสร” บ้าง

และทั้งคณะธรรมยุตก็มี “ระเบียบบริหารวัดธรรมยุต พ.ศ.2500” คณะสงฆ์มหานิกายยุคนั้นก็มี “ระเบียบบริหารสมัชชามหาคณิสสร” ขึ้นมา มีโครงสร้างทั้งฝ่ายปกครอง การศึกษา เผยแผ่  สาธารณูปการ ฝ่ายวิชาการ และฝ่ายอธิกรณ์

ส่วน พ.ร.บ.คณะสงฆ์ 2505 ถือว่า เป็นเรื่องของบ้านเมืองที่จะเข้ามาอุปถัมภ์ดูและคณะสงฆ์เป็นสิ่งที่คณะสงฆ์ทั้ง 2 ฝ่ายต้องปฎิบัติตามบ้านเมืองเท่านั้น

ยุคก่อนการชิงไหวชิงพริบระหว่างคณะสงฆ์ 2 นิกายค่อนข้างเข้มข้น การได้มาซึ่ง พ.ร.บ.คณะสงฆ์ 2484 ถือว่าเป็นชัยชนะของฝ่ายมหานิกาย

การสูญเสีย พ.ร.บ.คณะสงฆ์  2484 และการเกิดขึ้นของ พ.ร.บ.คณะสงฆ์ 2505 รวมทั้งการที่พระพิมลธรรม (อาจ อาสภเถระ) ถูกจับติดคุก ถือว่าเป็นความเพลี่ยงพล้ำของคณะสงฆ์ฝ่ายมหานิกาย

การก่อตั้ง “สมัชชามหาคณิสสร” ในปี 2516 จึงนับได้ว่าเป็นการรวมตัวของคณะสงฆ์ฝ่ายมหานิกายที่ต้องการจะ “ปลดแอก” จากการครอบงำของคณะสงฆ์ฝ่ายธรรมยุต ที่พยายามรุกคืบด้วย “วิธีบวชแบบเอสาหัง”

จึงเห็นว่ายุคก่อตั้ง หน้าที่หลักของ “สมัชชามหาคณิสสร” มีบทบาทสำคัญในเรื่องการ “อบรมพระอุปัชฌาย์” เป็นหลัก ส่วนเรื่องพิจารณา “สมณศักดิ์” เป็นรอง

ยุคนี้ทั้งการอบรม “พระอุปัชฌาย์” และพิจารณา “สมณศักดิ์”สมัชชามหาคณิสสร ทำควบคู่กันไป เหมือนทำหน้าที่เป็น “อนุกรรมการ” พิจารณา ก่อนเข้าประชุม “บอร์ดใหญ่” คือ มหาเถรสมาคม